明太祖洪武十五年(1382 年),改会川路设会川府,领武安、永昌、黎溪3州,划会理、麻龙、通安、姜州4州归云南东川府,置会川军民千户所,在原黄土城(今会理城北之“古城”)立守御所;
洪武二十五年(1392年),废府,改设会川军民宋御千户所,隶建昌卫。洪武二十七年(1394年),升会川军民千户所为会川卫军民指挥使司。
清康熙元年(1662年),改会川卫军民指挥使司为会川卫军民守备,隶建昌监理厅。
康熙二十九年(1690年),于卫东大桥复置会理州。
雍正六年(1728年),裁会川卫军民守备,置会理州,移东川之会理州于卫所(今县府所在地),属四川宁远府。
宣统元年(1909年),境内披砂、苦竹、者保、通安、会理村5土司改土归流。
民国二年(1913年),会理州改县。
民国二十四年(1935年),隶属第十八行政督察区。
民国二十八(1939年),西康省成立,会理改隶西康,属第三行政督察区。
1950年3月,会理解放,5月,会理县人民政府成立,仍属西康省。
1955年,西康省撤销,会理县改属四川省西昌专区。
1968年,改西昌专区为西昌地区,属西昌地区。
1978年,撤销西昌地区,会理县并入凉山彝族自治州。
2021年,撤销会理县,设立县级会理市。